基础服务能力是指孵化器具有的基础实力，主要包括硬件环境、政府环境和社会文化环境三个方面。硬件环境主要包括孵化器的场地面积、办公条件、信息、交通等基础设施，直接影响到对创业企业的吸引力和对在孵企业的服务效率，通常用孵化器孵化场地和设施的利用率表示。政府环境和社会文化环境属于软环境建设，其中政府环境是指政府对孵化器发展的态度、支持的措施、在孵企业能够享受的优惠政策等；社会文化环境包括孵化器所在地的周边文化氛围、大学的数目及其科研能力等。
综合服务能力主要是指孵化器的融资能力、中介服务能力和社会资源聚集能力等。其中融资能力通常用孵化器的融资渠道、融资方式、融资信誉、融资金额表示；中介服务能力主要指孵化器为在孵企业提供信息、法律咨询、会计咨询、项目中介的能力；社会资源聚集能力则是指孵化器与政府的沟通状况、人才聚集状况。该项指标可以通过统计转换与定性判断获得。
自主创新能力主要是指孵化器拥有的创新资源、实施的创新行为和取得的创新成果。一般用在孵企业数目、总销售收入、出口创汇额度、申报专利数、科技成果转化率、在孵企业从业人员状况等表示。进驻孵化器的初创企业一般都持有科研成果，在孵化器优化的环境中得以孵化，最后将成果转化为商品；同时，在孵企业还可以根据市场需要不断开发研制新产品。转化成功的成果与总成果的数量之比即为科技成果转化率，它是孵化器创新能力的主要评价指标。
管理能力是指孵化器通过计划、组织、领导、协调和控制促进在孵企业成长和孵化器自身发展的能力。一般用孵化器经理素质、工作人员素质、团队管理水平等表示。较强的管理能力不仅能够降低管理风险和孵化风险，而且能够帮助在孵企业健全管理制度、培养管理人才、提高经营水平。
自我发展能力是指孵化器在培育创业企业的同时实现自身发展的能力，主要包括孵化器组织的辨识能力、发展能力、盈利能力和增加税收的能力。其中，辨识能力指孵化器组织对于入孵企业进行分析、判断、筛选，在众多创业企业和项目中分辨出那些适合在孵化器内生存、有市场前景和发展潜力的企业的能力；发展能力包括孵化器自身的投资能力、链接创业支持网络（包括科技中介、风险投资机构等）的能力；盈利能力是指孵化器实现自身财务效益的能力，如获得利润和增加税收的能力等。
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